科目二补考过了仍然显示不合格的原因可能有以下几种情况：

1. 数据未更新：考试成绩在数据更新之前可能会有延迟，造成考试成绩没有及时同步上传至系统。此时，等待系统更新数据即可。等待一段时间后，如数据已经更新仍然显示不合格，则排除此原因的可能。

2. 提交的成绩与实际考试结果存在不匹配情况：因为考试时使用的计算机系统存在误差或其他不可预见的问题导致上传数据与实际成绩不符。此类问题属于非正常操作导致的信息错乱现象，考生应及时咨询当地的车管所情况并进行处理。处理完毕后，系统显示的成绩会与考试实际成绩相符。如情况复杂或难以解决，可以咨询驾校相关管理人员或教练寻求帮助。

建议考生在遇到类似问题时，及时联系相关部门并耐心等待处理结果。同时，请注意保管好自己的个人信息和考试记录，以便及时查询和处理相关问题。