科目三的补考费可以通过以下两种方式支付：

1. 现场缴费：在预约成功后，可以在指定的考试地点现场缴费，或者等待教练帮忙缴费。这种方式需要携带身份证和考试预约凭证等相关证件。

2. 网上缴费：在手机交管APP上缴纳补考费用。具体步骤包括打开交管APP并登录账户，点击考试预约，选择考场并核对信息，选择考试场次并提交确认申请。在确认提交后，可以看到支付按钮并点击支付补考费用。缴纳成功后即可查看预约的考试费用详细信息。预约考试前，确保有足够费用在账户中扣除相关费用。无论何种支付方式，都需要在规定时间内完成支付，否则可能会被取消考试资格。

具体的支付方式和流程可能会因地区和考试机构而有所不同，建议咨询当地的驾校或考试机构了解详细的缴费流程和要求。